La ciudadela de Machu Picchu se encuentra en el Santuario Histórico del mismo nombre, un área natural protegida de más de 32 mil hectáreas. Es conocido en el mundo por los impresionantes sitios arqueológicos que posee, más de 200 entre los que destaca la ciudadela, y el Camino Inca que atraviesa el Santuario de oeste a este en un recorrido de cuatro días. Por estas razones, la UNESCO lo considera Patrimonio Mundial mixto (cultural y natural).

El Santuario tiene la peculiaridad de ser una zona de transición entre los Andes y la selva baja, originando una biodiversidad única.